El método de primera linea es la microscopia de heces en 3 ocasiones. Si los exámenes dan negativo, el aspirado duodenal sirve como complementario. La sensibilidad a biopsia duodenal comparada con el aspirado duodenal no se ha probado bien, pero el trofozoíto reside en el enterocito. El último método es la detección del antígenos de las heces (ELISA), este método es útil en el caso de 3 exámenes microscópicos de heces negativos. Sin embargo es poco probable que reemplace el examen microscópico, debido a que la evaluación de heces, requiere un examen de otros posibles parásitos.
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